Положение духовенства изменилось с первых лет установления советской власти: оно оказалось лишенным гражданских прав, что влияло и на отношение власти к их родственникам. Репрессии измайловского духовенства начались после вхождения Измайлова в черту города в 1935 году. Первым был репрессирован протоиерей Михаил Волков, настоятель Рождественского храма, по крайней мере, с 1905 года. Он, как вспоминает один из современников, «никаких интересов, кроме служения Богу и народу, не имел». В 1939 году был репрессирован священник Сергий Соколов. Его не спасло даже то, что еще в начале 1930-х годов он снял с себя священнический сан, чтобы его дети не считались детьми «лишенца», как звали тогда лишенного гражданских прав, и смогли получить образование (в этот период духовенство вынуждено было оплачивать обучение своих детей).

В связи с повсеместным закрытием церквей в храме Рождества Христова стало служить духовенство из закрытых ранее приходов.

С 1934 по 1935 годы настоятелем храма был священномученик Алексий Смирнов, переведенный сюда из Симеоно-Стопниковской церкви.

священномученик Алексий Смирнов
икона храма Рождества Христова в Измайлове

Отец Алексий был арестован в январе 1938 года вместе со священниками Ухтомского благочиния Московской епархии Сергием Лебедевым, Сергием Цветковым, Димитрием Гливенко по обвинению в контрреволюционной деятельности и заключен в Таганскую тюрьму. Все предъявленные ему обвинения он отверг. 15 марта 1938 года тройка НКВД приговорила священников к расстрелу. 22 марта 1938 года протоиереи Сергий Лебедев, Сергий Цветков и Алексий Смирнов и священник Димитрий Гливенко были расстреляны и погребены в безвестной общей могиле на полигоне Бутово под Москвой. Память священномученика Алексия Смирнова совершается в день его мученической кончины 22 марта, в день Собора новомучеников и исповедников Российских 25 января (7 февраля) или в ближайший воскресный день после 25 января, в день Собора новомучеников, в Бутове пострадавших 29 мая и в день Собора московских святых 6 сентября.

В 1935 году в церкви Рождества Христова менее года служил священномученник Николай Виноградов, после назначенный в Воскресенский храм села Васильевское Рузского района Московской области.

священномученик Николай Виноградов

Священник был арестован в ночь с 24 на 25 августа 1937 года по обвинению в проведении контрреволюционной агитации. После произведенного обыска сотрудники НКВД приказали ему одеваться и следовать за ними. По воспоминаниям внука, в свой крестный путь отец Николай пошел в рясе, очевидно готовый к тому, что его ожидало. После того, как его увезли, родные его больше не видели. Все предъявленные ему на произведенном в Бутырской тюрьме допросе обвинения он отверг. 15 октября 1937 года тройка НКВД приговорила протоиерея Николая Виноградова к 10 годам исправительно-трудового лагеря в Усть-Вымлаге Коми. В декабре 1937 года от отца Николая пришло письмо родным. На обрывке бумаги было написано: «Здравствуйте, дорогие детки. Я еще жив. Живы ли вы и где? Работаю. Если можете, пришлите беленьких сухариков, сахару и соли… Адрес мой: город Усть-Вымь. Лагерь НКВД. 3 отдельный участок. Поселок Усть-Коин. З/к Виноградову Николаю. P.S. Да ниспошлет Вам Господь всякого благополучия». Дети собрали посылку и направили ее по указанному адресу. Посылка возвратилась с пометкой «адресат не значится». Вместо продуктов в ней были камни. 24 декабря 1937 года священномученик Николай Виноградов скончался в лагере НКВД и погребен в безвестной могиле. Память священномученика Николая совершается в день его мученической кончины 11 (24) декабря и в день Собора новомучеников и исповедников Российских 25 января (7 февраля) или в ближайший воскресный день после 25 января.

С 1935 года в храме Рождества Христова в Измайлове служил священномученик Павел Ансимов.

священномученик Павел Ансимов
икона храма Рождества Христова в Измайлове

В храме отцу Павлу доброхотно помогало много молодых людей, и священник приветствовал их словом утешения в небольших записочках. Так, одной из таких прихожанок он писал: «Приветствую маленькую Женю. Пусть нынешний день напомнит тебе о том счастливом, невинном детстве, когда душа была чиста, и все мысли были хороши и светлы, и дай Господь, чтобы причащение Святых Таин обновило твою душу и соделало ее чистой и молодой, способной воспринимать благодать Божию такой, какая она есть. Буду, как и всегда, молить Бога, да оградит Он тебя от всех зол и всех жизненных невзгод, привлечет к Себе для спасения твоей души. Дай Господи, чтобы твое христианское сердце постоянно горело любовью к Богу и ближним и побуждало делать только доброе и хорошее, избегая худого. Храни тебя Бог. Грешный молитвенник и доброжелатель протоиерей Павел Ансимов. 1936 год». Когда прихожане спрашивали отца Павла, что такое счастье, особенно в тяжелое время гонений, когда на их глазах рушилось все, отец Павел говорил: «Счастье – это способность человека радоваться всему, что дает ему Господь». В 1937 году осведомители донесли, что «священник допускал антисоветские толкования в своих проповедях». Отец Павел был арестован вместе с группой верующих 2 ноября 1937 года и заключен в Бутырскую тюрьму. Все предъявленные ему обвинения он отверг. Протоиерей Павел Ансимов был расстрелян 21 ноября 1937 года и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово под Москвой. Память священномученика Павла совершается 22 ноября (переходящая), в день Собора новомучеников и исповедников Российских 25 января (7 февраля) или в ближайший воскресный день после 25 января, в день Собора новомучеников, в Бутове пострадавших 29 мая и в день Собора московских святых 6 сентября.

Не известно точно, с какого времени, но не позднее 1937 года в храме Рождества Христова в Измайлове служил преподобномученик Афанасий (Егоров), келейник митрополита Сергия Страгородского.

преподобномученик Афанасий (Егоров)

26 июня 1937 года игумен Афанасий был арестован по обвинению «в террористической агитации и оказании материальной помощи находящемуся в заключении за антисоветскую деятельность духовенству» и заключен в Бутырскую тюрьму. Делу придавалось чрезвычайное значение, его разбирала Военная Коллегия Верховного Суда Союза СССР в составе трех судей и секретаря. 19 августа 1937 года после краткого рассмотрения дела игумен Афанасий (Егоров) был приговорен к расстрелу с конфискацией всего принадлежащего ему имущества. В тот же день приговор был приведен в исполнение. Погребен священномученик Афанасий в безвестной общей могиле. Память преподобномученика Афанасия совершается 20 августа, в день Собора новомучеников и исповедников Российских 25 января (7 февраля) или в ближайший воскресный день после 25 января, в день Собора Валаамских святых 23 августа (переходящая), в день Собора Московских святых 6 сентября (переходящая).

Подверглись репрессиям и церковнослужители храма. Среди за Христа пострадавших оказались послушницы закрытых в 1920-е годы Головинского Казанского женского монастыря с. Головино и Владимирско-Екатерининского женского монастыря с. Ново-Покровское Екатерина Федоровна Никитина и Прасковья Павловна Гурова. Екатерина Федоровна с 1924 года трудилась в храме Рождества Христова в Измайлове уборщицей, Прасковья Павловна с 1929 года исполняла послушание церковного сторожа. Обе послушницы были обвинены в антисоветской деятельности и репрессированы в 1931 году по групповому «Делу бывших насельниц монастырей, проживавших в Реутовском р-не Московской области». Екатерина Федоровна приговорена к 5 годам ИТЛ, приговор заменен на ссылку в Казахстан на тот же срок, Прасковья Павловна к 3 годам ИТЛ. Дальнейшая судьба обеих осталась неизвестна. Обе реабилитированы посмертно 1 февраля 1990 года.  

Несмотря на репрессии, церковь Рождества Христова не закрыли, в ней продолжали служить протоиерей Михаил Сперанский и протоиерей Иоанн Кедров (1864— 1943), сохранялся крепкий приход.

Во время Великой Отечественной войны обязанности настоятеля храма исполнял протоиерей Михаил Николаевич Преферансов († 24 февраля 1947 г.), бывший настоятель храма великомученика Димитрия Солунского на Благуше.